Avantis tiene contratada una póliza que atiende los accidentes que se producen tanto en la escuela como en las salidas culturales, excursiones o convivencias. Este seguro no cubre las enfermedades comunes ni los accidentes que sean ajenos a las actividades del centro.
De acuerdo con el Programa de Salud Escolar, a todos los alumnos de 4 años —o alumnos más mayores que se incorporen al colegio por primera vez- se los efectuará un examen de salud, siempre que no estén ya controlados en un centro de atención primaria mediante el Programa de Seguiment del Nen Sa.